標準菌株是屬于種屬鑒定的規范參照菌，而質控菌株，往往是從功能或用途上講的，通常是以標準菌株用來做質控的。
標準菌株使用注意事項：
1、選擇合適的培養基：勿使用選擇性培養基。一般使用非選擇性的增菌培養基，因為微生物在選擇性培養基中生長某些生物特性可能丟失，保藏的菌種的生物特性可能與標準菌株特性不同。
2、菌液的濃度：菌液的濃度一般越大，菌種保存時間越長。保藏時細菌常使用菌液，霉菌常用無菌水或生理鹽水制備成的孢子懸液。
3、甘油濃度：甘油終濃度一般為10%~20%。由于甘油原液太粘稠，需要配制合適的甘油-水溶液。
4、對菌種進行保藏時注意慢凍快化，冷凍時降溫速率保持1℃/min,復蘇時用37℃水浴融化，能夠保證菌種大的成活率。當冷凍菌種融化后，應避免再次冷凍，否則菌體的生存率會大幅度降低。
